巴彥淖爾市醫院始建于1958年，是巴彥淖爾市唯一一所集醫療、教學、科研、保健、康復為一體的國家三級甲等現代化綜合性醫院，主要承擔全市170余萬各族群眾的醫療保健和各旗縣區急危重癥轉診患者的救治重任。

醫院現為自治區六個區域醫療中心之一、自治區普通高等教育臨床教學基地、自治區全科醫師規范化培訓基地、自治區住院醫師規范化培訓基地聯合體協同醫院、內蒙古醫學院教學醫院、包頭醫學院碩士研究生培養基地、包頭醫學院二段式教學附屬醫院、河套大學附屬醫院。